Í september 1963 fór fram frá Hjallakirkju í Ölfusi greftrun beina, sem í haustið 1962 komu upp, er verið var að ryðja með jarðýtu fyrir hafnarframkvæmdum í Þorlákshöfn. Séra Helgi Sveinsson í Hveragerði jarðsetti beinin, og ræddi þá sögu kirkjugarðsins í Þorlákshöfn. Talið er víst, að um hafi verið að ræða bein tólf manna, sem líklega hafa flestir verið sjómenn. Ekki er unnt að geta um nöfn þeirra, sem áttu þær líkamsleifar, sem jarðsettar voru, því bæði skortir kirkjubækur frá þeim tíma er þeir létust og kirkjugarðurinn var sjaldan notaður nema þegar um var að ræða sjórekin lík, sem ekki þekktust.
Þó munu vafalaust hafa verið þar á meðal bein konu þeirrar, er síðast var greftruð í kirkjugarðinum í Þorlákshöfn, Sigríðar Gísladóttur, er dó 93 ára gömul árið 1819. Sigríður var einsetukona í verstöðinni, spuna- og prjónakona, en var líka kunn fyrir askasmíði og lófalestur. Stundaði hún þá prjónaskapinn og askasmíðina á veturna, en með vorinu fór hún á má ráða, að kirkja hafi fyrst risið í Þorlákshöfn, sem var flakk um Suðurlandsundirlendið og seldi aska sína og las framtíð heimilismanna í lófum þeirra.
Er Sigríður var jarðsett hafði kirkja ekki um árabil verið uppistandandi í Þorlákshöfn, en hún dó í marsmánuði þegar fannfergi var svo mikið að ekki þótti tiltök að flytja hana langan veg að Hjalla til greftrunar.
Ekki er fullvíst hvernig grafreiturinn í Þorlákshöfn hefur orðið til, en af ýmsu eign Skálholtskirkju, um 1300, og var þá helguð heilögum Þorláki. Er kirkjunnar fyrst getið í Vilkinsmáldaga, sem kenndur er við Vilkin Skálholtsbiskup, sem dó árið 1405.
Síðar má sjá dæmi þess, að biskup hafi gefið leyfi sitt til þess að lík, sem ekki var vitað hvar teldust til sóknar, yrðu jarðsett þar.
Ekki er vitað með vissu hvenær kirkjan í Þorlákshöfn var lögð niður, en til er bænarskjal sjómanna í verstöðinni til Skálholtsbiskups um að hún verði eigi lögð niður og síðan fyrirmæli biskups til Arnarbælisprests árið 1803, um að gripir kirkjunnar, klukka, kaleikur og messuklæði, skuli afhentir öðrum kirkjum í prestakallinu, þar eð kirkjan í Þorlákshöfn væri nú ekki lengur uppistandandi.
Hins vegar stóð fram yfir síðustu aldamót verbúð í Þorlákshöfn, sem nefnd var Kirkjubúð og sneri dyrum í vestur öfugt við aðrar búðir í verstöðinni. Er ekki ótrúlegt, að sú verbúð hafi verið hlaðin á tóft kirkjunnar.
Sögu flestra beinanna mætti þannig trúlega rekja til sjóslysa, enda hafa þau á liðnum öldum orðið mörg á þessum slóðum og algengt að lík manna sem fórust í lendingu hjá Stokkseyri og Eyrarbakka ræki í Þorlákshafnarvík.
Er ekki úr vegi að geta einnig mestu björgunar sem gerð hefur verið hér við land. Á árunum 1700—1721 geisaði í norðanverðri Evrópu Norðurlandastyrjöldin mikla, er Danir, Rússar og Pólverjar áttu í höggi við Karl 12. Svíakonung. Voru siglingar þá taldar ótryggar um norðurhöfin og fylgdu herskip konungs kaupskipunum, sem fluttu varning hingað til lands.
Í nóvembermánuði 1718 lagði danskt herskip, Gothenborg, út frá Hafnarfirði með áhöfn á 19. tug manna, en hreppti hið versta veður og rak að lokum upp undir land við Þorlákshöfn. Þá bjó á Hrauni í Ölfusi Brynjólfur Jónsson, lögréttumaður, og hélt hann með hóp vinnumanna sinna að Þorlákshöfn en gat ekkert aðhafst til björgunar fyrstu dagana vegna veðurs.
Að lokum tókst þó að bjarga 170 mönnum af skipinu, þeirra á meðal skipstjóranum og prestinum.
En það tókst ekki oft svo vel til um björgun, og síðar fara margar sögur af sjóslysum og mannsköðum á þessum slóðum. Margir sem fórust í þessum slysum voru jarðsettir í kirkjugarðinum í Þorlákshöfn.