Ríkisendurskoðun telur að yfirstjórn Heilsugæslu höfuðborgarsvæðisins veiti einstökum heilsugæslustöðvum ekki nægt aðhald hvað varðar kostnað og skilvirkni. „Síðast var unnin ítarleg kostnaðargreining fyrir stöðvarnar árið 2013. Þá var árlegur rekstrarkostnaður þeirrar stöðvar þar sem hann var hæstur um 68% hærri en þar sem hann var lægstur miðað við fjölda heimsókna eða ígildi þeirra. Stöðvarnar starfa þó allar innan sama kerfis og búa við svipuð rekstrarskilyrði.“
Í skýrslu, til Alþingis, hvetur Ríkisendurskoðun yfirstjórn Heilsugæslu höfuðborgarsvæðisins til að greina kostnað stöðvanna reglulega og grípa til viðeigandi aðgerða verði afköst einstakra stöðva hlutfallslega minni eða kostnaður meiri en gengur og gerist. „Vert er þó að geta þess að mismikill kostnaður stöðva getur að einhverju leyti átt sér eðlilegar skýringar, m.a. í því hvernig skjólstæðingahópar þeirra eru samsettir.“